V črevách zdravých ľudí žije veľké množstvo bifidobaktérií. Najtypickejším zástupcom sú dojčatá, ktoré jedia materské mlieko . 99% svojej črevnej bakteriálnej flóry, sú bifidobaktérie. Pretože bifidobaktérie môžu produkovať kyselinu octovú a kyselinu mliečnu, hodnota pH v čreve má tendenciu byť silne kyslá, takže môže inhibovať rast patogénnych baktérií a zabrániť infikovaniu ľudského tela.
To je dôvod, prečo dojčatá, ktoré pijú materské mlieko, majú menšiu hnačku alebo enteritídu ako tie, ktoré pijú mlieko, a miera úmrtnosti je tiež nižšia. Platí to samozrejme nielen pre dojčatá, ale aj pre dojčatá a dospelých. Čím viac bifidobaktérií dominuje v črevách, tým menej je pravdepodobné, že budú napadnuté patogénmi a infekčnými chorobami.